据报道，日本建筑师、新国立竞技场最初设计案的评委会委员长安藤忠雄在得知扎哈离世的消息后这样说道：“从约20世纪末开始，由于造型能力与计算机技术的发展，建筑固有的形态也随之改变。扎哈也成为了引领世界建筑界的人。技术的持续进步能在将来为世界开辟出怎么样的新领域，这着实令人期待。在新国立竞技场的项目中，我认为扎哈的设计案可以作为一个新的象征，同时想以这种形式来表达内心的歉意。与她前后大约有30年的交往，如今的我却说不出任何话。”
2012年底，扎哈·哈迪德事务所提交的东京奥运会主场馆参赛作品在盲选中从46个设计团队中脱颖而出，战胜了伊东丰雄、妹岛和世等多位名家的方案。她所设计的新国立竞技场外形如同一顶棒球帽，呈现非常分明的肌理感，整体呈流线型，主体结构两端由棱状外壳组成。场馆有数个椭圆形和水滴形开口，观众置身其内，恍若乘坐飞船。
JSC看中了这个方案的创造力和超未来性，认为这是一个可以成为城市地标的建筑物。安藤忠雄当时这样评价：“流线型和未来的设计体现了日本想传达给其他国家的讯息，我相信这个体育场将会成为未来一个世纪的世界体育圣地”。
但在方案公布后，槙文彦、伊东丰雄等诸多日本著名建筑师带头这项计划，日本民间也集合了三万多名的签名，不支持这个造型怪异、造价高昂的建筑提案。
一方面，扎哈的设计方案所需建设费用过于高昂；其二，反对者认为扎哈设计的场馆了现有的景观和历史文脉，伊东丰雄就曾向澎湃新闻记者表示，“她擅长于将这种迎合消费主义的景观界每一个地方。”还有不少反对者认为新国立竞技场了附近的明治神宫。
尽管扎哈了意见，对设计方案进行多次修改，削减了开支并减少占地面积，但是反对者还是不买账。
矶崎新修改后的方案失去了原本的动感，留下的不过是一个无聊、缓慢的形态，就像一只老海龟。他在接受采访时表示，“我看不到一丁点儿扎哈的手迹，我只能看到委员会加诸其上的压力。”
日本者对于这个计划何去何从依然是纷争不断。矶崎新扎哈抛开日本合作者的协助，重新拿出一个完全崭新的设计方案。其他人则JSC将扎哈的方案，有人甚至说，委员会应该对现有的国立体育场进行改建，而非将其推倒。
2015年7月17日，日本首相安倍晋三宣布，由于天价成本，将废弃现有的2020年东京夏季奥林匹克运动会主会场建设方案，重新招标，以求节省成本。根据扎哈最初的设计方案，建设成本为1300亿日元（约合人民币65亿元），然而此后估算的实际成本不断攀升，最后已经达到了2520亿日元（约合人民币126亿元），翻了近一倍。
2015年7月28日，扎哈·哈迪德事务所在其网站上发表了1400字的声明，称项目预算的膨胀与设计本身无关，东京当地施工成本的增加以及由主管单位指定结构商应被纳入考量。但事务所仍表示愿意进一步配合提供修改方案，以确保体育馆在2020年东京奥运会开幕之前顺利完工。在声明中，扎哈·哈迪德事务所称这一项目的设计和成本预算都得到了JSC的批准，并反复提及“扎哈事务所自始至终都积极主动地寻求削减预算的方案”。
对于扎哈的方案被废弃，安藤忠雄表示，竞标评委会只负责选择设计部分，不负责成本，但2520亿日元的建设预算还是超出了他的预期，需要作出调整。不过他也指出，不应该中止扎哈的设计，否则日本将失去其国际信誉。
2015年12月22日，日本正式决定起用隈研吾和兵妹妹在机房团队提出的方案——“木与绿色的竞技场”，作为2020年东京奥运会主体育场方案。
根据评审结果，隈研吾的方案仅以610:602的微弱综合评分优势在PK中击败了伊东丰雄的设计。同扎哈70米高的设计方案相比，隈研吾设计的体育馆将不足50米高，总计造价也仅为1530亿日元左右。
隈研吾的设计采用钢结构和木结构混合，屋顶相对较平。新方案努力注入明显的日本风格，场馆里里外外的建筑材料将大量采用日本雪松，一定程度上模仿了传统的设计，但这个刻意凸显日本特色的设计可能会提升奥运会结束后场馆的成本。新方案将由大成建设公司承建。
日本首相安倍晋三在一次内阁特别会议上表示，选定的设计是一个“很棒的计划，在基本原则、工期和成本等各方面都满足标准”。
当晚，扎哈发表声明回应称：“日本与日本的一些建筑师同行共谋否决了我的设计方案，将这一项目呈现给世界。以这样一种令人的方式对待一个国际项目和工程团队，这与设计本身或是预算什么的都无关。”
在声明中，她还特别指出，日本给出的新方案，同自己事务所在两年内所做的细节设计和预算控制“惊人相似”。
在接受采访时，扎哈曾对记者表示，“有一些人不希望一个外国人来建造东京的国立体育馆。”甚至称她的方案最终遭到抛弃是“日本和一群建筑师们的合谋与策略”。
2016年初，JSC在发给扎哈·哈迪德建筑事务所的一份关于款项结算的文件中增加了两项条款。其一称东京国立竞技场的新设计团队可以“其设计版权，任意使用原工作”，还特别指出事务所应当允许JSC“地运用原项目工作，不需要支付额外费用，也不会受到任何（包括修改或是用作他途）”，并认为扎哈·哈迪德建筑事务所应无地接受条款。其二则是要求设计团队内的任何人不再对此项目发表评论。日方以尾款为筹码，扎哈设计版权并对此事禁言，这自然令扎哈大为光火。
2016年1月15日，场馆新方案设计者隈研吾对于他的设计与扎哈团队最初的设计“惊人相似”的，回应称，“如果细看扎哈和我的设计，你会得到非常不同的印象。”
隈研吾称两个方案在一些基本特征上有相似处是不可避免的，因为大家都是以为8万观众提供良好的视觉体验作为目的而设计的。但他的想法和扎哈在很多层面都不尽相同，扎哈的设计内低而外高，两边拱起，好比“马鞍”，他自己则试图将体育馆做得尽量低平，最大限度减少成本和建筑的视觉震撼。